腐败细菌一般是不太活动的。它们在空气中以及在有生命或无生命的物体表面，常呈现芽孢状态。芽孢的形态与黑熊和青蛙冬眠的状态相似。腐败细菌在适宜条件下，其坚硬的保护外膜破裂，开始吸收养料和生长。这种依赖死亡植物和动物组织吸收养料，并把它们分解为原来的元素和化合物的过程，称为腐烂。通常伴随着腐烂而产生的，还有一种讨厌的气味，这是死亡物体在分解过程中散发出来的。
长期以来，人们为了保存食物、防止腐败找出了许多办法。例如，新鲜水果用糖或蜜加工成果脯蜜饯；新鲜鱼、肉、蛋用盐腌制成咸鱼、咸肉、咸蛋；蔬菜、笋、鱼等晒成笋干、鱼干、干菜、干蘑菇等，这些都是常用的防腐办法。还有用低温冷藏，化学药品防腐等等。然而，尽管人们想方设法来消灭和防御病菌，狡猾的病菌总要钻空子，找我们的麻烦。直到人们发现抗生素有防止腐败、抗击病菌的优越性能，病菌才开始变得温驯起来。
抗生素之所以能延长食品的保存期限，主要在于它能干扰或阻碍病菌正常的新陈代谢，使病菌不能进行正常的生命活动，不能生长和繁殖。抗生素溶解在水里后，接触到食物体表面或渗透到组织里去，如同形成一层保护膜，腐败菌或病菌一旦沾上，就会立即被抗生素的精良武器所击败。而且，使用抗生素保存蔬菜、水果等食品，对于食物的色、香、味和维生素等营养成分的保持，都比采用腌制法和加热消毒法优越得多，所以抗生素是一种理想的保护剂。
食品中最常见的腐败菌就是霉菌，食物发生腐败的时候，上面都会有绿色的毛状，这就是霉菌发酵造成的。
炎热的夏天，水果、蔬菜、鱼肉或米饭等食物，如果保存得不好，很快就会变质、腐败。这种现象，我们通常称为“坏”了或“馊”了。
大家知道，食物的败坏，主要是由于微生物中的腐败菌、病菌捣乱的结果。愈是营养价值高的食品，它们就越爱钻营繁衍。许多味美可口的菜肴和食物，一经腐败菌和病菌光顾，不消几天甚至几小时，就会变酸变质，毒素孳生，人吃了就会中毒生病，严重的还会危及生命。
长期以来，人们为了保存食物、防止腐败找出了许多办法。例如，新鲜水果用糖或蜜加工成果脯蜜饯；新鲜鱼、肉、蛋用盐腌制成咸鱼、咸肉、咸蛋；蔬菜、笋、鱼等晒成干菜、笋干、鱼干、干菜等，这些都是常用的防腐办法。还有用低温冷藏，化学药品防腐等。
然而，尽管人们想方设法来消灭和防御病菌，狡猾的病菌总要钻空子，找我们的麻烦。直到人们发现抗生素有防止腐败、抗击病菌的优越性能，病菌才开始变得驯服起来。
我们的正常空气中就存在各种各样的细菌（如各种霉菌、细菌）所以粮食会发霉，饭菜会腐败，只要有适宜的环境和营养，各种细菌就会生长。
如果说到细菌的起源，那就是一个非常复杂的事了，太阳高纯度碳化物在燃烧中会自然产生对细胞生物生长有妨碍的化学物质（以下统称为有毒物质），这些有毒的物质在太阳磁场的控制下，会随着尘粒转移到太空中去。在尘粒中就带有毒性的化学物质元素。尘粒在A+B=C的运动结合中不断发展壮大，当尘粒积聚到一定的质量，并在相互引力的作用下，使它们结合积聚时会产生冲击和碰撞的现象。当出现了火花时，也会产生有毒物质元素，这些有毒化学物质元素与尘粒紧密相依，相互依存。在太阳系内的行星体不断发展壮大的过程中，尘粒天然地存在着对生命体有害的毒性元素。然而，地球上的无机物质（尘粒结构）在天然条件下，在水流和波浪的冲击下会使尘粒产生化合作用，在尘粒的物质通过物理化学反应结果，并使无机的尘粒物质发生质的变化的同时，有毒元素也随着尘粒的变化而变化。当尘粒转变成为微小的有感觉的碳水化合物单细胞（有机分子）时，有毒物质元素同时也以形成更为微小的化合物生命个体而存在于这个有感觉的个体之中，即寄生在单细胞之中。它是作为一种比单细胞还要微小的呈单个孢子状生命形态，而独立地依附在细胞之中而生存的，它不是由单细胞结构所组成的生命形态，这种能在细胞中而独立生存的孢子状微小生命体，是一种原核生物。原核生物在医学上统称它为细菌。它们的生存形态有：球状、杆状、弧状、冠状、链状和螺旋状等，能寄生在细胞生命体内及有机物自然体里而独立地生存。它的外部是由较为坚硬的核壁所组成，内部是个核膜，含有胶状物质，也称核糖体，是合成蛋白质的地方。它具有运动和不断繁殖的特性。由此可见，在地球上，细胞与细菌是天生一对的，是同时诞生的，因为，只有细菌与细胞的同时出现，细菌就具有单细胞的有机物作为其天然食物的来源。细菌是伴随细胞生物的发展而发展的。当单细胞进化发展成为多细胞生命体时，细菌也随着细胞生物体不断发展而相应增加，它能依附在细胞生物体内不同的器官和细胞组织中而生存。细菌是一种异养寄生物，它不依赖呼吸空气中的氧气来生存，而是依赖于有机物质中的氧元素以及依靠所有的自然有机物质，包括动植物体内的有机物质，作为营养而生存的。它是一种能依靠自然有机物质而独立生存的、比单细胞还要小的、可以自我进行运动的微型原核动物。地球上，没有自然有机物质的地方，就不可能会有原核生物的存在。换句话来说，没有细胞生物的出现，就不可能会有细菌的出现。根据有关科学家监测，在人类中平均每个人所寄生的原核生物（细菌）重量约达2.5公斤，约占人体的5%空间。另外，细菌还有一个特点，它不像动植物那样会不断增殖进化的，它们的生命体基本上是保持不变的生态。
细菌是推动细胞生物发展的内在动力，它能起到推动细胞不断分裂和再生的特殊作用，是促进细胞生物体成长壮大的重要内因之一。因为在细胞生命体内，细菌与细胞两种不同的生命都有求生存的天生欲望。在动、植物成长的过程中，由于细胞与细菌之间同时进行着求生存的大竞赛，细菌在细胞生命体内不断地繁殖及觅食其有机物。而细胞生物必须要满足细菌的食量需要，而不断地相应增加和再生自身细胞的数量。这个过程，无形中起到促使细胞生命体不断成长与壮大的特殊作用。细胞与细菌在促进细胞生命体发展壮大的同时，必然会把两者之间的发展调节到具有同步性和平衡性，使细胞生命体生长呈良性化，互为因果地推动细胞生命体的成长与壮大。共同保持着共生性和相互适应性的生态效果。如果细胞发展快，细菌发展慢，以及细菌与细胞是同步协调发展时，就不会危及细胞生命体的正常生长，动、植物的生长就会呈良性化和不断地进化发展。相反，如果细胞生物某些功能细胞组织发展慢或再生细胞能力差，而某种细菌在其某些环节细胞组织里繁殖速度快时，就会直接影响到细胞生命体内部生态系统的平衡性，会逐步侵蚀、支解和破坏细胞生命体内部生态系统的某些功能细胞组织和环节细胞组织，而使其在生态出现失同步性和不协调性，引致了人体病态现象的发生，当严重时会危及细胞生物体的生命。
由于动、植物的延续都是以一代传一代的方式进行的，动、植物上代生命体的死亡是细胞组织结构系统的死亡，而细菌是寄生在细胞组织结构系统里而独立生存的，它不会受到生命主体的死亡所影响，它会一直伴随着所寄生主体死亡后所形成的生物质继续生存下去。细胞生命体的死亡，一方面会被腐食动物吞噬；另一方面，可提供给细菌新的生存环境：在主体死亡的地表上有植物的存在，以及逐年由细胞生物所遗留下来的有机生物质，再加上生命主体死亡本身的有机物。这些从死亡的生命主体所分离出来的细菌，就能相应地转移到其他的有机物中继续生存。另外，动物的排泄物里的细菌，能依靠排泄物的有机生物质作为食物来进行生存。同时，细菌也能依靠自然界所形成的有机生物质继续生存下去。因为细菌的生存活动是围绕着生物链和食物链的物质运动变化而不断循环生存的，细菌天生是一种生命力和繁殖力特强的微小的原核动物。这些能脱离了细胞生命主体并依赖于其他生物质继续生存下去的细菌，可统称它为体外细菌。而体外细菌继续完成它的历史使命，并将对自然界中海洋及地面所有积淀的生物质（碳化物）起到支解和分化的重要作用。同时，还能一直伴随着生物质形成地壳里的碳化物沉积层（又称石油），并能在碳化物沉积层中继续起到支解和分化作用的同时，释放出大量的甲烷（CH4）、甲醇（CH3OH）、氨气（NH3）等燃烧能力特强的有毒化学物质，起到不断提升碳化物纯度的重要作用。而这些有毒化学物质是作为实现形成地球地核积聚高纯度碳化物的基础原料而准备的。地下天然气和煤矿瓦斯的形成，就是由体外细菌在支解、分化沉积碳化物的过程中所释放出来的燃烧能力特强的有毒化学气体。此外，体外细菌也可以通过空气中生物质的尘埃、食物链、生物链、带有生物质的液态水、吸血的动物和苍蝇等多条传播途径，能重新回到细胞生命体之中。在此情况下，部分生命力和繁殖力特强的体外细菌，如遇到对生命体某些生存功能细胞组织与环节细胞组织起到破坏性作用时，可称它为病菌感染。
在科学界里，有些学者把单细胞到原生物形成之前的微小细胞生命体和体外细菌及部分的真菌，都以微生物一体来研究。本人认为，这会带来学术上的混乱，应该把它们区分开来：A. 在细胞生命体内所寄生的细菌可称它为体内细菌；B. 脱离了细胞生命体而依靠自然界的生物质来进行生存的所有细菌可称它为体外细菌；C. 体内和体外的细菌与真菌在对细胞生命体某些生存功能细胞组织与环节细胞组织起到破坏性作用时，可称它为病菌感染；D. 由单细胞到原生物形成之前的微小细胞生命体可称它为原生生物。E. 体内细菌、体外细菌、子囊真菌和原生生物这几种微小生命体，可统称为微生物。即微生物类型有：体内细菌、体外细菌、子囊真菌和原生生物四种不同的生命形态。这样区分它们，就非常清晰，将不会带来在微生物研究上所产生的混乱现象。
由此可见，应该一分为二地认识细菌。一方面它能对细胞生命的细胞起到分裂和再生的特殊作用，促使细胞生命体不断成长和壮大，直到分化支解生物质的同时释放出燃烧能力特强的有机化学物质，不断提升由动植物所形成碳化物的纯度，为地球不断形成合格的高纯度碳化物原材料而逐渐累进到地核里，实现太阳系能量物质的积累。这是其好的一面。另一方面，由于细菌与细胞生命体是相对同步发展的，当细胞生命体发展成为各种不同适应环境变化的功能器官时，细菌也以相应的生存形态伴随着不同功能器官的细胞组织内而生存，逐步达到相互适应，相互共生的生态效果，形成了相应不同的类型细菌。它要保护自身的领地和食物，维护所寄生的属主，对于外来细菌(体外细菌)能作坚决的斗争，这个过程，无形中能不断增强细胞生命体第一免疫系统的免疫力，从而起到对细胞生命体的抗体作用。但对于人类寿命来说，却是最大的天敌，它对人类的健康、长寿威慑力最大。这也许是两种不同类型生命特性所形成的生态规律。因为细菌是依靠自然界所有的有机生物质作为营养而生存的，所以，它能在生物质里进行不间断的繁殖和发展，这是一种在生物质环境里不受制约的生长状态；而动、植物体内的细胞组织是会受到上一代的DNA遗传物质所控制的，包括物种形状大与小和寿命长与短等。这是一种受到制约的生长状态。这样，细菌会对细胞生物体的寿命带来威慑的自然性。因此，体内细菌对于细胞生命个体而言，可分为有益细菌和有害细菌两种。有益细菌是指能与细胞生命体相互共生的，不断推进生物进化的同时，起到对细胞生命体具有抗体作用的细菌种类（称为人体第一免疫系统）。有害细菌是指不能与细胞生命体相互共生的同时，起到逐步侵蚀和支解细胞生命体某些功能细胞组织的细菌种类。有害细菌的出现也有如下两个表现特征，其一，是体内有益细菌。当细胞生物个体随着年龄的老化，再生细胞的功能衰退，所再生的有机物数量无法供给体内有益细菌不断繁殖的食量需要时，它们就会逐渐侵蚀和支解生命组合体的某些功能细胞组织，便使细菌生物与所寄生的细菌之间在生态上发生失同步现象，进而逐步达到破坏细胞生命体的生理循环功能系统，并从有益细菌向有害细菌转变。这也许就是人类肿瘤病因的原理。因为，当细胞生命体某些功能组织逐渐衰退的同时，寄生在衰退组织里的细菌逐渐繁殖，数量逐渐增多，吃量不断增大，形成了前者的一方渐弱，而后者的一方渐强的生态反差现象，细菌在侵蚀和支解衰退组织的过程中，由于人体还拥有血液球蛋白和淋巴的第二个内在生理免疫系统，与之支解过程产生了排斥作用，会使细胞生命体里的衰退组织逐渐形成了瘤状的异物，便使人体的衰退组织逐渐失去了环节的功能作用，在瘤状物逐渐增大的同时，无形中直接切断了人体生态系统的连带性功能，当严重时就能引至细胞生命体的死亡。其二，是体外细菌。当每一代细胞生物体死亡之后，其体内细菌从此就伴随着主体死亡后所形成的生物质，走进大自然有机物链的生存道路，它们经过沧海桑田般的变化锻炼和演变，久而久之，部分能繁衍出比体内细菌生命力和繁殖力还要强很多的特性，当它们重新回到细胞生命体中生存时，就能战胜其体内的有益细菌，取而代之，并在高速度繁殖数量迅速增多食量增大的同时，细胞生命体正常的再生细胞数量无法供给如此突增的食量需要，会逐步出现侵蚀和支解其肌体功能细胞组织的现象发生，使细胞生命体组织出现了炎症，从而，破坏了循环组织，便使人体逐渐失去了抗体作用，导致其内部生态系统出现不平衡性，严重的会危及细胞生物体的生命。此情况是形成有害细菌的另一个途径。这也许就是细胞生物“传染病”和“瘟疫”出现的原理。细菌还有一个特征，它可以加入细胞生命体的遗传基因细胞行列，并且能陪伴着细胞生命主体的基因一代传一代地发展。因为，各种细胞生物物种的传宗接代都是处在物种的青壮时期，它们此阶段再生细胞的数量远远满足于寄生在体内细菌的食量需要，相互之间都能保持共生的良性生态效果，因而，细菌就能顺利地伴随着细胞生物物种的遗传基因细胞代代相传地共同协调发展。
细菌能伴随着细胞生命的诞生而来，还伴随着地球生物的发展而发展。细菌主要有如下七个方面的表现特征：
1. 细菌是一种微型动物。它与细胞动物一样都是异样生物，都是以自然界动植物和真菌的生物质作为营养食物来获取能量。都是以运动和不断繁殖的方式进行生存的。但不同的是动物是利用空气或水中的氧气进行交换的，而细菌是利用自然生物质的氧元素进行交换的。
2. 细菌是一种原核生物。它不是由单细胞所构成的生命形态，它是一种寄生在细胞之中，比单细胞还要微小的呈单个孢子状的生命形态，它们的生存形态有球状、杆状、弧状、冠状、链状和螺旋状等，细菌的生态结构是外部由较为坚硬的核壁所组成，内部是个核膜，含有胶状物质，也称为核糖体，是合成蛋白质的地方。
3. 细菌是一种寄生物。自然界那里有生物质，那里就有细菌生存的足迹。根据研究表明，细菌是寄生在自然界生物质的活体（指存活中的动植物和真菌）和自然体（指由历代动植物和真菌死亡后所形成的生物质）中而生存的，在所有细胞生物活体中，约有5%的空间是由细菌所占领的。每个人约有2.5公斤的细菌寄生在体内。细菌还能伴随着细胞生物的遗传基因细胞代代相传。
4. 细菌是一种定体生物。它不像细胞生物那样会不断增殖进化的，它们的成菌只有在形体上的变化，基本上没有体积上的增大变化。是地球唯一一类在体积上不可以进化壮大的生物。
5. 细菌是一种支解物。它们能对细胞生物质起到支解和分化的自然作用，并在支解、分化细胞生物质的过程中，能释放出燃烧能力特强的有毒化学物质。为太阳系再生能量，形成高纯度碳化物原料，扮演了一个重要的角色。
6. 以毒为器。动、植物本身能根据其生理的特点和生态定位，加上适者生存的需要，有些动物能专门合成和分解出一些有毒化学物质（体内细菌）以作为其自身生存的化学武器和赖以生存的手段，这些有毒的化学物质能高度集中，或是作为捕获其他动物的利器，或是作为其他动物攻击时自身的防御系统。这些动物诸如毒蛇、毒蛙、毒蝎、毒蛛、毒蜂、蓝环章鱼、椎型蜗牛、毒水母等等，它们既能保护自身，又能获取食物来源。另外，还有一些植物能用自身的体内细菌在树叶上分解和合成出对动物带有毒性的化学物质和气体，既可以防止被动物所食掉，也能保证自身物种呈良性生长和延续。
7. 人为因素。人类为了自身利益的需要，大量制造农药、生化武器、化工产品等带有毒性物质。另外，人类还能利用细菌来以毒攻毒、以菌治菌的方法作为医疗上的用途，为人类和生物的健康与成长造福。同时，细菌也能用于燃料、食品加工、环境的再循环和净化，以及生物工程等有益于人类求生存活动的用途。
综上所述，人们基本可以认识到细菌的自然作用，能明白导致人体病态发生的原因：其一是体内细菌；其二是体外细菌。核心是寄生的细菌与细胞生命在生态上失同步。这是一种自然现象和生态规律。目前，医学界对传染病、瘟疫和流感的治疗方式都是取用防或避的手段来进行的。如SARS和甲型H1N1流感这些新发现病菌，已发现存在于自然界中，随时都有爆发的可能性，这是防不胜防的。我认为，应在防的同时着重要采取迎的手段来进行，所谓迎就是要面对，要从增强人体对这些新病菌适应性上着手，一句话，寻找增加人体对新病菌免疫力的方法才是最有效的保障。
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