荧光显微镜和普通显微镜主要区别是照明光源不同。荧光显微镜使用的是紫外光照明，而普通显微镜使用的是可见光作为照明光源。
荧光显微镜： 荧光显微镜是以紫外线为光源， 用以照射被检物体， 使之发出荧光， 然后在显微镜下观察物体的形状及其所在位置。荧光显微镜用于研究细胞内物质的吸收、运输、化学物质的分布及定位等。 细胞中有些物质，如叶绿素等，受紫外线照射后可发荧光；另有一些物质本身虽不能发荧光，但如果用荧光染料或荧光抗体染色后，经紫外线照射亦可发荧光，荧光显微镜就是对这类物质进行定性和定量研究的工具之一。
荧光显微镜用于研究应用的荧光显微镜都是基于一套光学滤光片而工作：
一个激发滤光片
一个分束片
一个发射滤光片
这些过滤片通常是一起插在滤光块（复合显微镜）或在一个扁平的盛放器（主要是立体显微镜）中。
激发滤光片会选择波长来激发标本内一个特定的染料，发射滤光片作为一种质量控制，只让特定的荧光团发射的波长通过。二向分色镜是用来反射激发带中的光并在发射带中传递光，从而产生经典的荧光入射光。
荧光是生物和分析显微镜中最常用的物理现象之一，主要是因为它具有灵敏度高、特异性强的特点。荧光是冷发光的一种形式。
荧光显微镜甚至允许用户决定单个分子种类的分布、数量及其在细胞内的位置。可以实现共区域化和相互作用的研究，离子浓度以及观察细胞内间的胞吞和胞吐过程。
借助超分辨率荧光显微镜，甚至可以成像亚分辨率结构。
荧光显微镜是显微镜中的一种，主要是用来研究和看荧光标本的，是利用紫外线作为光源，然后来照射标本，来观察标本的形状和位置。有些物质是专门受到紫外线的照射下可以发出荧光的，有些物质是需要带荧光的抗体，经过紫外线的照射才能发出荧光。荧光显微镜的存在就是专门对这两类物质进行研究的。今天，小编就给大家介绍一些荧光显微镜本身都具有哪些作用呢？
第一：荧光显微镜对于物质的检出能力是非常高的，具有放大的作用；而且对于被检测物质的细胞的刺激也是非常小的，可以检测活体的染色体；还有就是可以进行多个步骤的染色。
第二：对于荧光素的构造观察是非常好的，一般的显微镜是看不出来的。而且对于一些物质是否有荧光，荧光是什么色调的进行判断，还能看出是不是抗体的荧光。此款显微镜对于物体的定性、定量分析都是可以测定的。
总之荧光显微镜主要就是为了研究跟荧光物质有关的显微镜，一般的显微镜对于这类物质是观察不出来的。所以，大家一定要正确的认识荧光显微镜的作用，要辨别它和一般的显微镜的区别。
荧光，汉语词语。又作“萤光”，是指一种光致发光的冷发光现象。
荧光物质例如HFP蛋白质，沥青里的某些成分，就是菠菜里面也有荧光物质，斑马鱼等，所以荧光显微镜在工业，医学等行业应用都非常广泛。
荧光显微镜有荧光光源发出的光源，经截止片后一部分波长的光经过物镜照射在物体表面，带荧光特性的物体或经荧光染料染色后的物体激发出荧光，再经过截止片使能观察的光波进入目镜被观察到。
荧光显微镜也是普通显微镜加了荧光装置后的显微镜。荧光的波长更短，所以同样能观察荧光的物镜荧光显微镜具有更高的分辨率。
荧光显微镜在免疫荧光中观察GFP蛋白就是典型的应用案例。
荧光显微镜(Fluorescence microscope) ： 荧光显微镜是以紫外线为光源， 用以照射被检物体， 使之发出荧光， 然后在显微镜下观察物体的形状及其所在位置。荧光显微镜用于研究细胞内物质的吸收、运输、化学物质的分布及定位等。 细胞中有些物质，如叶绿素等，受紫外线照射后可发荧光；另有一些物质本身虽不能发荧光，但如果用荧光染料或荧光抗体染色后，经紫外线照射亦可发荧光，荧光显微镜就是对这类物质进行定性和定量研究的工具之一。
荧光显微镜和普通显微镜有以下的区别：
1.照明方式通常为落射式，即光源通过物镜投射于样品上；
2.光源为紫外光，波长较短，分辨力高于普通显微镜；
3.有两个特殊的滤光片，光源前的用以滤除可见光，目镜和物镜之间的用于滤除紫外线，用以保护人目。
荧光显微镜也是光学显微镜的一种，主要的区别是二者的激发波长不同。由此决定了荧光显微镜与普通光学显微镜结构和使用方法上的不同。
荧光显微镜是免疫荧光细胞化学的基本工具。它是由光源、滤板系统和光学系统等主要部件组成。是利用一定波长的光激发标本发射荧光，通过物镜和目镜系统放大以观察标本的荧光图像。
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